В рамках работы НОШ МГУ «Мозг» сотрудники Московского университета разработали web-сервис, позволяющий определять эффективность активации субстратов в активных центрах гидролаз.
Гидролазы — широчайший круг ферментов, проводящий разрыв связей C—O, C—N, C—C в самых разнообразных соединениях. Одним из ярких примеров уникальных реакций, проводимых гидролазами, стал гидролиз пептидной связи в белках. В растворе период полупревращения для такой реакции составляет сотни лет, в то время как ферменты проводят эту реакцию за секунды. Примеров уникальных каталитических свойств ферментов можно привести ещё очень и очень много, однако другим важным свойством, требующим упоминания, является распознавание ферментами определенных субстратов. Так, например, построена вся белковая машина по разделению большой полипептидной цепи на фрагменты, образующие набор белков, необходимых для функционирования вируса SARS-CoV-2. Основная протеаза этого вируса способна расщеплять пептидную связь, только в строго определенных местах, то есть между строго определенными аминокислотными остатками. Есть и много других ферментов, гидролизующих те или иные связи селективно только в определенных соединениях.
Разработанный web-сервис предоставляет возможность определить, будет ли проходить реакция, основываясь на данных об электронной плотности в активном центре фермента.
Этот web-сервис будет полезен не только для фундаментальных исследований, но и при разработки промышленных ферментов в биотехнологии.
Гидролазы — широчайший круг ферментов, проводящий разрыв связей C—O, C—N, C—C в самых разнообразных соединениях. Одним из ярких примеров уникальных реакций, проводимых гидролазами, стал гидролиз пептидной связи в белках. В растворе период полупревращения для такой реакции составляет сотни лет, в то время как ферменты проводят эту реакцию за секунды. Примеров уникальных каталитических свойств ферментов можно привести ещё очень и очень много, однако другим важным свойством, требующим упоминания, является распознавание ферментами определенных субстратов. Так, например, построена вся белковая машина по разделению большой полипептидной цепи на фрагменты, образующие набор белков, необходимых для функционирования вируса SARS-CoV-2. Основная протеаза этого вируса способна расщеплять пептидную связь, только в строго определенных местах, то есть между строго определенными аминокислотными остатками. Есть и много других ферментов, гидролизующих те или иные связи селективно только в определенных соединениях.
Разработанный web-сервис предоставляет возможность определить, будет ли проходить реакция, основываясь на данных об электронной плотности в активном центре фермента.
Этот web-сервис будет полезен не только для фундаментальных исследований, но и при разработки промышленных ферментов в биотехнологии.