Участниками НОШ МГУ «Биология» разработан автоматизированный сервис поиска аптамеров. Предложенный алгоритм и его реализация опубликованы в международном журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, посвященном передовым алгоритмическим разработкам. Разработка позволяет анализировать данные нанопорового секвенирования коротких последовательностей нуклеотидов.
Аптамеры — это одноцепочечные цепочки ДНК или РНК длиной 30−80 нуклеотидов, способные точно распознавать нужное ДНК или РНК и связываться с ним, как, например, антитело с вирусом.
Разработанный подход стал новым с экспериментальной точки зрения. Дело в том, что нанопоровое секвенирование изначально разработано для определения длинных последовательностей, а аптамеры имеют длину в несколько десятков нуклеотидов.
Ранее в рамках НОШ «Биология» были опубликованы результаты исследования, в котором аптамеры выделяются экспериментально из библиотеки последовательностей нуклеотидов с использованием процедуры SELEX (Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment), основанной на различном связывании с белком-мишенью. После чего проводился поиск последовательностей вручную. В этой работе проводился поиск аптамеров, связывающихся специфически с RBD белком из определённых штаммов коронавируса SARS-CoV2.
Важным этапом в улучшении предложенного подхода стала его автоматизация.
Аптамеры — это одноцепочечные цепочки ДНК или РНК длиной 30−80 нуклеотидов, способные точно распознавать нужное ДНК или РНК и связываться с ним, как, например, антитело с вирусом.
Разработанный подход стал новым с экспериментальной точки зрения. Дело в том, что нанопоровое секвенирование изначально разработано для определения длинных последовательностей, а аптамеры имеют длину в несколько десятков нуклеотидов.
Ранее в рамках НОШ «Биология» были опубликованы результаты исследования, в котором аптамеры выделяются экспериментально из библиотеки последовательностей нуклеотидов с использованием процедуры SELEX (Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment), основанной на различном связывании с белком-мишенью. После чего проводился поиск последовательностей вручную. В этой работе проводился поиск аптамеров, связывающихся специфически с RBD белком из определённых штаммов коронавируса SARS-CoV2.
Важным этапом в улучшении предложенного подхода стала его автоматизация.